In 1932 wordt het gebouw door brand zwaar geteisterd. Na de Tweede Wereldoorlog wordt Felix Meritis het hoofdkwartier van de Communistische Partij van Nederland (CPN) en wordt het dagblad De Waarheid er gedrukt. Ìn de jaren zestig veranderde het gebouw in een cultuurpaleis onder de naam Shaffy Theater, waar tal van experimentele dans-, mime-, toneel- en muziekvoorstellingen werden opgevoerd door onder meer Ramses Shaffy, Liesbeth List, Freek de Jonge en vele andere artiesten.
Vanaf 1988 zet de Stichting Felix Meritis de activiteiten in eigentijdse vorm voort: Felix Meritis wordt een Europees Centrum voor Kunst en Wetenschappen. Ook zijn er een aantal restauraties uitgevoerd.

Maar het gaan uiteindelijk niet goed en in februari 2014 gaat de stichting failliet. De gemeente Amsterdam koopt het pand voor 5,3 miljoen euro. En zij besluit een openbare aanbesteding uit te schrijven waar zowel het bedrag als de invulling die de partijen er aan geven. In de tussenliggende periode mag Foam het pand gebruiken. Als winnaar komt de beheermaatschappij Amerborgh, van Alex Mulder, zij kopen het pand voor2,5 miljoen euro. 

Alex Mulder is oprichter van het huidige beursgenoteerde USG People en houd zich nu bezig het steunen van kunst en cultuur. Amerborgh is al in het bezit van het Compagnietheater en De Nieuwe Liefde in Amsterdam.